La organización interna de la Biblioteca Central de la PUCMM, la conforman tres unidades.

1.- Unidad de Servicios al Público

Circulación y Préstamos.
Referencia e Investigaciones.
Servicios de Información en Línea.
Hemeroteca.
Audiovisuales y Multimedia.

2.- Unidad de Análisis de Información

Desarrollo de Colecciones (Selección y Adquisición).
Análisis de Información (Catalogación y Clasificación).

3.- Colecciones Especiales

Centro de Documentación e Información Educativa (CEDIE)
Herbario Rafael M. Moscoso
Fondo Monseñor Hugo Eduardo Polanco Brito
Archivo Historico Documental